商品を知るため、現場を知るために数ヶ月は倉庫に向かわされた新入社員の方もたくさんいると思います。
そういう方は、そこで１度は棚卸を実地体験されたかと思います。

そこで、きっちり管理しているのに、一定の期間毎にこうやって在庫を点検すると
コンピュータの在庫と合わないことが多々あるのはどうしてでしょうか。

すぐに思いつくのが棚卸検品時の数え間違いや商品のとり違えでしょう。

そして何度も数えなおしたりして、時間と神経をすり減らして、最後には損失として計上することになるでしょう。

そのようなことをなくすために棚卸検品時に、二人で読み合わせたり、
またはバーコード検品に切り替えたりしていることと思います。
また、検品対象をきっちり区切って一度に多くをやらずに、ミスを少なくするようにされているところが多いと思います。

コンピュータ在庫と合わないのは、何も棚卸時の検品時だけに発生するわけではありません。
コンピュータ在庫も所詮は帳簿と同じで、入荷・出荷・引当時に記帳（データ入力）ミスや
商品の取り違えがどこかで発生し、そのまま気づかないでいることが、
棚卸時になってはじめて発覚しているにすぎません。

このようなミスがなぜ起こり、そのまま気づかずにいたりするのでしょうか。

通常の作業の流れは、

入荷の場合：入庫→検品→（引当）→棚入れ
出荷の場合：発注(出荷指示)→ピッキング→検品→(引当)→梱包→出庫

といったところでしょうか。
各作業ステップの中で何かしらのミス要因が潜んでいます。

たとえば、入荷でいうならば、検品時の数え間違いから、棚入れ時に場所を間違えて入れてしまうなどです。
検品時（数量以外にＡ品Ｂ品のチェック）で判断が非常にグレーな状況にあってはＡ品からＢ品に、
またその逆に、Ｂ品からＡ品に商品が移動を繰り返してしまうことも考えられます。

また、入荷先のミスがある場合もあります。入荷予定の商品と、実際に入荷した商品が異なる
－仕入れ先の誤出荷の場合です。
入荷した時点でそのことに気が付かなければ、間違った棚入れをしてしまいます。

出荷時でも、ピッキングのミスから検品時の数え間違いが代表的に上げられます。
出荷伝票や送り状の張り間違えによる出荷ミスが、あとの対処の負担による在庫の計上ミスを誘発する要因になります。

倉庫からの出入りは、上記以外にもさまざまな形で発生します。
代表的なものなら、返品入荷があげられます。返品だと少量でしょうが、予定されていないことが多いでしょう。
あってはならないことですが、盗難や事故破損があるでしょう。
各社各々ですが、営業マンによるサンプル出荷や、その戻しによる入庫があるでしょう。

このようなことは、得てして少量であるため、手続き漏れで、データ入力もされないため、
コンピュータのデータが反映されないことが多いのです。

何もデータ入力すべき、倉庫現場の責任ばかりではありません。事故破損などは不可効力である場合もあります。
営業マンに時間がなく、手続きを人任せにして勝手にもって行く、なんてこともよく聞く話です。

コンピュータシステム的なことを考えれば、上記の通常外のことは入荷なら入荷の、
出荷なら出荷のメインのメニュー外にあることが多いと思います。
どの事象がどの入力画面にあたるのか。また入力ルールが決まっているのか。
それが曖昧だったり、実は画面事態がなかったりすることもあるのです。

倉庫現場では、業務品質の向上のためにＱＣ活動を活発にされているところも多いと思います。
永久的なテーマであり、何度もしているところもあるでしょうが、
１度、特定要因図で在庫が合わない要因を整理してみてください。
本文で、入荷・出荷・返品・例外出庫の中骨が描けるかと思います。

自分だけや他者だけに原因や責任を追い求めず、
何かが曖昧であった部分が見えてくるのではないでしょうか。